澳大利亚牧羊犬的毛色有4种，分别是兰色芸石色、黑色、红色芸石色、全红色，这些颜色没有优劣之分。有的澳大利亚牧羊犬毛发有白色斑纹，在挑选时需要注意，白色围脖不能延伸超过马肩隆。白色出现在颈部、胸部、腿、口下方是可以接受的。
澳大利亚牧羊犬毛发梳理方法：
1、注意顺序。由颈部开始，由前向后，自上而下顺次进行，即先从颈部到肩部，然后依次背、胸、腰、腹、后躯，再梳头部，最后是四肢和尾部，梳理过程中应梳完一侧再梳另一侧。
2、梳毛的手法。梳毛应按顺毛方向快速梳拉。犬的底毛，细软而绵密，长期不梳理，会形成缠结，甚至会引起湿疹、皮癣或其他皮肤病。在对长毛犬梳理时，应一层一层地梳，还要把长毛翻起来，然后对其底毛进行梳理。
3、梳子的选择。梳子可选毛刷、弹性钢丝刷和长而疏的金属梳。毛刷只能使长毛的末端蓬松，而细茸毛却梳不到。梳理长毛犬时，毛刷、弹性钢丝刷和长而疏的金属梳可配合使用。